Il problema di Ubuntu è che i programmi che installi con apt-get o con gli altri suoi software con interfaccia grafica, è che deve obbedire alle dipendenze Debian. Ti potrei consigliare di disinstallarlo completamente in modo che non ne resti traccia sul disco e poi di reinstalarlo ex novo ripartendo da zero.
Ti potrei cosigliare di disinstallarlo completamente e di installare al suo posto TeXstudio, che secondo me gli assomiglia moltissimo, visto che ne è un fork, ma va meglio — parere personale, per altro.
Temo però che nessuna delle due soluzioni sia efficace senza che Ubuntu installi anche una versione minima di TeX Live Debian per soddisfare alle dipendenze Debian.
Potrei consigliarti di scaricare dalla rete il pacchetto compresso (la tarball, come la chiamano i veri Pinguini) e di installarlo passando attraverso tutto il meccanismo della costruzione dello script di compilazione )make config) compilare (make) installare (make install) e ripulire il disco dei file intermedi (make clean) — una volta queste cose mi paicevano, ora non mi ci diverto più, ma rappresentano uno dei vantaggi di usare piattaforme Linux.
Però bisogna essere dei veri Pinguini- degli smanettoni che ne conoscono una più del diavolo. Spesso anche un pricipiante riesce nell’impresa, ma altrettanto spesso un non principiante che non sia un vero Pinguino fallisce miseramente.
Ora però che il tuo TeXmaker è incasinato, disinstallarlo è certamente la prima azione da fare; reninstallarlo ex novo o installare qualcos’altro, o compilare da sorgente è una cosa che dipende da te. Ma una volta che hai a disposizione un editor funzionante devi verificare nelle sue opzioni di configurazione che acceda ai file della distribuzione TeX Live NON QUELLA DEBIAN, MA QUELLA CHE HAI SCARICATO DA CTAN E HAI INSTALLATO ATTRAVERSO LE PERIPEZIE CHE SAPPIAMO, FINALMENTE È FUNZIONANTE CORRETTAMENTE.
Siccome Ubuntu è in grado di installare TeXworks, installalo comunque; puoi sempre verificare che la tua installazione TL compili correttamente. Ma TeXworks è prezioso per i cambiamenti di codifica; come la fa quell’editor può sembrare macchinoso, ma ti garantisco che con qualunque altro editor diventa una operazione da molto difficile a disperata.