A me questo codice che implementa esattamante quello che ti ho suggerito funzina come previsto:`\documentclass[latin1,11pt,a4paper,twoside]{book}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[italian]{babel}
\usepackage{lmodern}
\usepackage{emptypage}
\usepackage{geometry}
\geometry{a4paper,top=4cm,bottom=4cm,left=4cm,right=4cm,heightrounded}
\usepackage{fancyhdr}
\pagestyle{fancy}
\renewcommand{\chaptermark}[1]{%
\markboth{\chaptername
\ \thechapter.\ #1}{}}
\fancyhead[LE,RO]{\thepage}
\renewcommand{\headrulewidth}{0.8pt}
\usepackage{indentfirst}
\usepackage{lipsum}
\begin{document}
%\input{Frontespizio}
\begin{titlepage}
\vspace*{.2\textheight}
\centering
{\Huge LA MIA BELLISSIMA TESI}
\vspace{2\baselineskip}
{\large\scshape Paaolino Paperino}
\vspace{3\baselineskip}
{\huge UNIVERSITÀ DI PAPEROPOLI}
\vfill
Anno accademico 32015-3216
\end{titlepage}
\tableofcontents
\cleardoublepage
\markboth{Prefazione}{Prefazione}
%\input{Prefazione}
\chapter*{Prefazione}
\lipsum[1-10]
%\input{Capitolo1}
\chapter{Capitolo Uno}
\lipsum[11-20]
%\input{Bibliografia}
\end{document}`
Ho sostituito i capitoli assenti con del testo casuale; ho generato un frontespizio di fantasia; e ho fatto girare pdflatex.
Il pacchetto emptypage fa il miracolo di lasciare le pagine bianche, ma per avere il comando \cleardoublepage che lascia la pagina bianca bisogna rinunciare a openany, che tra l’altro non sembra una buona idea comunque, specialmente se componi twoside come fai tu.