Togli la 2011/2-12 che non ti serve a niente.
Non ingorerei il messaggio, proprio per niente;
Warning: conflicting [pdf]tex program found on the system path in C:\Programmi\MiKTeX 2.9\miktex\bin; not fixable in user mode
Il tuo PATH non sembra a posto, oppure in qualche modo si è sporcata la cartella con gli eseguibili di MiKTeX; il messaggio dice che ci sono due diversi programmi della serie pdftex e che l’utente non può aggiustare questa incompatibilità.
Ho la sensazione che tu debba smontare MiKTeX e se proprio ci tieni lo devi rimontare; ma… qual è il pacchetto/programma di MiKTeX che fa delle cose che TeXLive non può fare? Può darsi che esistano, ma me ne sorprenderei. invece quello che temo è che tu abbia inserito nelle cartelle delll’albero radicato in C:\Programmi\MiKTeX\2.9\ delle tuo cose personali, cosa che non bisogna mai fare; le cose eprsonalei devono stare nell’albero personale e, se non si tratta di programmai .exe, posono essere ricopiate tranquillamente nell’albero personale ch TeXLive sa leggere da solo (oppure puoi ocnfigurare le variabili di sistema in modo che TeXLive consideri come albero personale quello che hai già impostato per MiKTeX.
Naturalmente sono solo ipotesi; può darsi che siano campate in aria. Ma una cosa è certa; io non terrei mai sui miei PC e desktop due versioni differenti dello stesso sistema: è facilissimo che insorgano incompatibilità, come è facilissimo che non siano aggiornate allo stesso livello; quindi si creerebbe una grandissima confusione.