Be’, nemmeno LaTeX riesce a mantenere tutte le righe sulla griglia di base, e non è un caso che se ne sia parlato anche recentemente e che Bazargan abbia scritto un pacchetto di estensione (.sty) che fa del suo meglio per mantenere le righe sulla griglia, ma non ci riesce sempre, Sicuramente riesce a rispettare la griglia di impaginazione anche a due colonne che risultano entrambe allineate anche in basso, ma le singole righe delle colonne adiacenti non sono necessariamente allineate se le colonne contengono inserti di vario genere come equazioni, figure, titoli, eccetera.
Inoltre, componendo a due colonne, diventa indispensabile caricare fixltx2e, per correggere delle imperfezioni ereditate nella composizione a due colonne dal vecchio LaTeX 209.
Quello che è certo è che importando un file da un programma che non ha lo stesso mark-up di latex, è difficile che tutto vada per il meglio senza doverci mettere le mani in modo più o meno pesante.
Temo che devi rassegnarti a correggere a mono molte cose; certo molto meglio che ricomporre da zero partendo da un file “blank”!