Non è un bug del comando paragraph; è un bug nel tuo modo di usare footnote.
1) ricorda che “paragraph” tradotto in italiano vuol dire “capoverso” non paragrafo. È del tutto eccezionale che si usi quel comando per dare un titolo ad un capoverso; “subparagraph” potrebbe tradursi in “comma“`’, periodo”, enunciato”, “frase”, cioè una parte soltanto di un capoverso; dare titoli a frazioni di capoverso è una cosa eccezionale.
2) tuttavia se si usano dei titoli per queste frazioni minime di testo, il titolo viene messo in linea con il testo a cui si riferiscono; ovviamente il testo nel file sorgente potrebbe anche cominciare una riga dopo la riga che contiene il comando di sezionamento, ma se ci metti una foot note in mezzo (che non si sa bene a chi si riferisca, se al titolo o al testo, il meccanismo di eliminazione degli eventuali spazi e degli eventuali a-capo, non può funzionare.
3) Le note si appendono al testo direttamente, senza spazi o new-line di mezzo, altrimenti la nota potrebbe andare a finire nella pagina dopo all’inizio della prima riga della pagina dopo.
Quindi il tuo esempio mette in luce un modo tipograficamente non corretto di usare le note; mostra come questo modo scorretto impedisce il corretto funzionamento dei comandi di sezionamento \paragraph e \subparagraph; e, perdonami il sospetto, mette in luce la tua confusione fra i falsi amici “paragraph” e “paragrafo”.