Se guardi il codice che ti ha passato IlLinguista1972, vedi che lui ha impostato il programma biber, non il programma bibtex come backend a biblatex.
Configura TeXShop per usare biber invece di bibtex.
Per gli indici analitici multioli invece di usare makeidx, multidx e poi compilare a mano id ude indici analitici prima di poterli importare e comporre, usa solo il pacchetto imakeidx (nota la i davanti al nome); specifica i nomi dei due indici come opzioni ai dei comandi \makeindex. Naturalmente leggi preventivamante la documentazione di imakeidx con il comando texdoc imakeidx dato nel terminale. Scoprirai che è molto più facile comporre uno o più indici analitici rispetto a come stai facendo.
Ricordati che fra i numerosi errori che hai fatto nel tuo file sorgente, NON ha caricato hyperref come ultimo pacchetto, e dopo averlo caricato ne ha caricati degli altri che ridefinisocono in parte alcuni comandi già ridefiniti fa hyperref, per cui distruggi quello che hyperref ha cercato di fare.
Capisco che nelle guide c’è sempre scritto di caricare hyperref per ultimo senza spiegare perché sia opportuno/necessario fare così, ma in fondo è meglio fidarsi delle guide; se dicono di fare in un modo ci sarà bene una ragione, no?
Attento: non hai capito per niente a che cosa serve l’uso dell’ambiente filecontents con o senza asterisco. Non serve per importare file; serve, casomai, per esportarli;il contenuto dell’ambiente viene scritto in una file col nome specificato mediante l’argomento del comando di apertura dell’ambiente. Così una solo file serve per inviare al destinatario diversi file in un unico contenitore; non è la stessa cosa di zippare il tutto in un file .zip, è di più e di meno nello stesso tempo. Esportare il file .bib serve per consentire a chi riceve il contenitore completo di disporre anche della tua bibliografia; trasmettere in questo modo il file secondari non è molto importante ma si può fare; esportare file di macro personali, o comunque file .sty che non fanno parte di TeX Live, si fa proprio in questo modo, in modo che chi riceve il contenitore riceva tutto quello che occorre.
Il file principale in ogni modo usa i file così ricevuti ed automaticamente estratti, mediante i metodi opportuni: i file .sty vanno importati con il solito comando \usepachage; i file .bib non vengono importati am vengono gestiti da bibtex o da biber; i file .tex vanno importati nel documento sorgente con i soliti comandi \input o \include.