Suggerimento e domanda per @OldClaudio: e se si stampasse il documento come immagine ad alta risoluzione? In questo modo non bisognerebbe modificare niente. Si può scegliere una risoluzione alta e poi fare una prova di una pagina per vedere come vengono resi i caratteri. Tu che ne dici?
È sempre possibile una cosa del genere, come è possibile passare attraverso Inkscape e chiedergli di trasofrmare tutti i font in disegni vettoriali; a quel punto il file non contiene più nessun font, ma solo disegni; in compenso il file rimane vettoriale.
Vale anche quanto ha detto Roberto, che ArsTeXnica, composto con i Latin Modern, viene stampato da 8 anni da stampatori diversi senza nessun problema.
Ottima l’ipotesi di Liverpool che lo stampatore di Aimè abbai selezionata quella opzione di usare solo i font di sistema.