@Filippo, ho fatto molta fatica a leggere il tuo messaggio: Impara a mostrare il codicie come si deve usando i tag che trovi nella prima riga della finestra di composizione dei messaggi.
Però da quel che ho capito, e non è detto che io abbia capito bene, La scelta della classe thesis per comporre un libro è errata.
Probabilmente l’option clsah deriva dal fatto che la classe thesis contiene già la chiamata a inputenc con un’opzione diversa.
Il tratto di codice che non ti compila è logico che non te lo compili, visto che quello non è LaTeX, ma sembrerebbe una forma di html.
Usi a sproposito l’ambiente cases e non credo che li annidi in modo corretto.
usi il doppio dollaro per marcare le equazioni in display, cosa che è stigmatizzata in qualunque guida; devi usare [tt]\[…\][/tt] invece di [tt]$$…$$$[/tt] Meglio ancora se devi numerare le equazioni sarebbe che tu invocassi il pacchetto amsmath e usassi l’ambiente [tt]equation*[/tt per le equazioni non numerate e l’ambiente [tt]equation[/tt] per le equazioni numerate.
I comandi come \it, \rm, \bf, e simili appartengono al linguaggio Plain TeX e al linguaggio LaTeX209, defunto esattamente 20 anni fa.
Le tabelle devono avere tanti descrittori di colonna quante sono le colonne che usi. È meglio che tu riveda le tue tabelle con attenzione.
Quando trovi “undefined control sequence”, hai commesso probabilmente un errore di ortografia scrivendo un comando; nell’esempio che porti mi pare di vedere [tt]2\lex[/tt] e [tt]\lex[/tt] mi pare che sia davvero un errore di battitura; forse volevi scrivere [tt]2ex[/tt]?
Se sei alle prime armi con LaTeX, scaricati dalla sezione Documentazione di questo sito la guida L’Arte di scrivere con LaTeX; è destinato ai neofiti, come parrebeb che tu sia a giudicare dal numero di errori che hai commesso.
Ciò non toglie che meriti un benvenuto nel forum; hai fatto bene a chiedere aiuto, anche se per ora abbiamo/ho capito poco e qual che abbiamo/ho capito è probabilmente sbagliato.