Torniamo al punto iniziale e al desiderio di non abusare delle note in calce.
La bibliografia finale ci vuole e se qualche riferimento contiene numeri di paigna, deve solo trattarsi di un articolo pubblicato in una miscellanea, oppure negli atti di un congresso o simili. Ci vorrà quindi un database (con estensione .bib) che contiene i record con i campi giusti) al momento di volre compilare la bibliografia bisogna lanciar biber (se si usa biblatex) o bibtex (se si usano altri modi di creazione della bibliografia) che estraggono dal file ausiliario del main file le etichette dei lavori citati (o tutte le etichette, se si è usato il comando \nocite{*}), e ricompone nel file .bbl il file sorgente scritto in codice LaTeX, che la successiva esecuzione dipdflatex trasformerà in bibliografia stampata; una ulteriore esecuzione di pdflatex decifra le etichette presenti nella bibliografia composta (cioè nel file .bbl) in modo che i vari comandi \cite possano riportare nel testo il riferimento giusto.
Nel testo le citazioni possono essere fatte con il metodo autore anno o coll metodo numerico o con altri metodi; ma certamente la cosa dipende molto dalla disciplina nella quale si scrive la tesi. Oggigiorno direi che anche per le tesi nelle scienze sperimentali sia preferibile usare il metodo autore anno; con certi stili di citazione \cite{etichetta} produce una citazione nella forma Rossi (2100); una citazione del tipo \citep{etichetta} produce una citazione del tipo (Rossi, 2100). Tutto questo va bene e funziona benissimo senza mettere niente in nota.
Ma se fosse necessario esiste l’argomento facoltativo dei comandi cite, del tipo \citep[p.~23-25]{etichetta} che produce una citazione nel testo del tipo (Rossi, 2100, p. 23-25); in questo modo si possono evitare completamente le citazioni in nota e non si interrompe il flusso di lettura, pur dando le stesse informazioni che si potrebbero mettere in una citazione in nota.
Se questo sia possibile con biblatex o solo con i metodi più antichi, tipo i metodi di default, o i metodi introdotti da natbib, o altri, non lo so; so però che con i metodi numerici di default io ho usato l’argomento facoltativo con grande efficacia e senza consumare spazio inutile, e senza aggiungere note in calce (che personalmente trovo inutili per le citazioni,, fastidiose. barocche, sprecone di spazio, ricche di ivi, ibidem, e via con altre ridondanze che allungano l’apparato delle note per ripetere e ripetere sempre le stesse cose con minime varianti; so che in molte discipline questo metodo delle note in calce è apprezzatissimo, ma costituiscono una esibizione di erudizione sprecona di spazio).
Come ho evidenziato fra parentesi, questo è il mio parere personale, che non rappresenta una regola, ma la spiegazione del perché io non uso mai le citazioni in nota. Tu fai come meglio credi, ovviamante.