Mentre quando dici di modificare il file .bbl che creo dal file .bib cosa intendi? Potresti spiegarmi meglio sono alle prime armi con latex e non mi è tutto chiarissimo, cioè modificare in che modo?
Dopo aver prodotto il file .bib, lo compili con BiBTeX e ottieni un .bbl. Questo è il file che contiene la tua bibliografia formattata in base al file di stile che stai usando (.bst). Quello che suggerivo è aprire il file .bbl e modificarlo a mano, poi lo salvi e compili con LaTeX. Questo metodo può andare bene solo se non modifichi più il .bib perché, se ricompilassi con BiBTeX, perderesti le modifiche introdotte a mano. Come ho già detto, è un metodo molto brutto e prima proverei a cercare soluzioni migliori (che però al momento non mi vengono in mente).