Se salti las \subection del capitolo 3, sezione 2, la \subsubsection ti viene numerata 3.2.0.1
Le vuoi così le subsubsection, con uno zero prima del loro numero?
Se usi \subsection come proponeva Enrico anni fa ottini i numeri giusti.
Però secondo me se quel che devi descrivere contiene anche un solo elemento di poche righe, dovresti usare una description, la quale accetta anche \item composti di diversi capoversi.
LA scelta è tua, ma certamente non puoi saltare il livello precedente rispetto a qualche sezionamento più basso, altrimenti ti vengono fuori gli zeri. Il livello di sezionamento gerarchicamente più altro è il capitolo; tutti gli altri devono essere inseriti gerarchicamente; non solo ma un capitolo non può contenere una sola \section; una \section non può contenere una sola \subsection, eccetera.