A mio avviso la soluzione migliore è non scrivere l’estensione del file, questo era abbastanza chiaro. Parti da zero e ottieni solo immagini jpeg, diciamo figura_1.jpg, figura_2.jpg e via discorrendo. Quando le inserisci utilizza
`\includegraphics[opzioni]{figura_1}
\includegraphics[opzioni]{figura_2}`
Ovviamente metterai questi comandi in un ambiente figure opportuno, e con tutte le opzioni che vuoi. Come puoi notare, ho scritto il nome dei file senza estensione. A questo punto usi pdflatex e tutto fila liscio.
Se, per qualche strano motivo (ma non capisco quale) volessi usare latex invece di pdflatex, convertirai le tue figure in figura_1.eps, figura_2.eps, non modificherai il sorgente latex, e compilerai con latex invece che pdflatex.
Senza prendertela, hai fatto due passi inutili: il primo è stato convertire tutte le immagini jpg in eps, credendo che questo fosse necessario, o che apportasse un miglioramento nela qualità del grafico. Trasformando un jpg in eps non guadagni qualità: stai trasformando un oggetto che è di scarsa qualità alla sorgente. Travestire un jpg da eps non ti fa guadagnare nulla. Diverso è il caso se ottieni un vero eps alla fonte.
Il secondo errore è stato riconvertirti tutte le immagini da eps a pdf.
Queste informazioni sono reperibili in una qualsiasi guida di base. Leggitela. O almeno cerca nel forum, perché questi concetti sono stati detti un milione di volte.
Con i tipografi parla in pdf. Con chiunque parla in pdf. Passa per gli eps solo quando sei costretta (cioè mai, a meno che non voglia usare pstricks, ma questo non ti dovrebbe riguardare, per ora)
Ciao
Daniele