La tilde come segno diacritico si ottiene con \~{…} dove i puntini rappresentano una sola lettera sulla quale abbia senso la presenza di una tilde; in verità quel comando, da usare solo in modo testo, mette la tilde sopra qualunque cosa; è chi legge che deve trovare un senso alla tilde.
Invece il trattino ondulato in modo testo non esiste: puoi ottenerlo in modo matematico con $\sim$. Se vuoi puoi creati un nuovo comando del tipo:
`
\bewcommand\Til{\ensuremath{\sim}}
`
magari inserendoci anche un paio di spazi, uno prima e uno dopo; dipende da cosa vuoi frane.
Poi probabilmente si può usare l’encoding utf-8, che io non uso mai, e avere a disposizione un PC e un editore che accetti comandi per inserire segni UNICODE; la tabella UNICODE distingue certamente fra il “combining tilde” e la “tilde-trattino ondulato”, e sempre che il font di uscita disponga dell’opportuno segno.
Secondo me è meno elegante, ma se carichi il pacchetto textcomp hai a disposizione il comando `\texttildelow` che mette una tilde bassa, e è più piccola del segno che ottieni con \sim.