Mi rispondo da solo per comunicare ad altri interessati la soluzione del problema.
Dunque, come da documentazione, per togliere il numero di riga da singole note, si deve definire il comando \killnumber, aggiungendo nel preambolo:
`%% per togliere il numero di riga da singole note
\makeatletter
\def\printlines#1|#2|#3|#4|#5|#6|#7|{%
\begingroup
\setprintlines{#1}{#2}{#3}{#4}{#5}{#6}%
\ifnum#2=-1 \ledplinenumfalse \fi % This line is new
\ifl@d@pnum #1\fullstop\fi
\ifledplinenum \linenumrep{#2}\else \symplinenum\fi
\ifl@d@ssub \fullstop \sublinenumrep{#3}\fi
\ifl@d@dash \endashchar\fi
\ifl@d@pnum #4\fullstop\fi
\ifl@d@elin \linenumrep{#5}\fi
\ifl@d@esl \ifl@d@elin \fullstop\fi \sublinenumrep{#6}\fi
\endgroup}
\makeatother
\newcommand{\killnumber}{\linenum{|-1|||-1||}}`
Quindi, la sintassi diventa la seguente:
`\edtext{