A me pare logivo che sia così, ma potrei essere io fuori logica.
Dunque abbiamo una figura che contiene tre sottofigure ognuna con la sua sottodidascalia, e naturalmente c’è una didascalia generale all’intera figura. Tu vorresti che comparissero anche le sottodidascalie nell LOF. Idea strana e poco logica (secondo me) perché la didascalia della figura complessiva dovrebbe in qualche modo accennare a che cosa la figurona contiene, sia pure divisa in tre sottofigure.
Allora hai la possibilità di sfruttare la costruzione tripartita della didascalia generale, oppure di usare \addcontentsline{lof}{section}{…} sostituendo i puntini con qualcosa che vada bene; puoi metterci, credo, subsection, invece di section, ma non ho mai provato; puoi metterci dentro, prima del sottotitolo anche \numberline{…} con il numero della sottofigura (probabilmente con un comando del tipo \thesubfig). Se invece vuoi usare la terza parte della didascalia generale, scriverai come suo \caption:
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\caption{Funzioni di flusso del modello \acs{CTM}. $(a)$ Interfaccia senza rampe. $(b)$ Interfaccia con rampa in ingresso. eccetera}
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Verrà una grossa entry nella LOF, ma c’è tutto.