Non so che classe usi; con la classe book hai questi effetti:
Nell’indice il titolo del capitolo numerato è preceduto dal numero; non è già quello che volevi? Nota che il numero è separato da una distanza fissa dal titolo del capitolo, cosicché i titoli dei capitoli restano incolonnati sullo stesso margine anche quando il numero del capitolo fosse di due cifre.
Non sarebbe in problema modificare la definizione di \l@chapter e/o di \numberline per far comparire il punto dopo il numero.
Per avere il numero col punto che precede il titolo non è particolarmente difficile copiare della classe la definizione di \@makecpterhead, aggiungere il punto nel posto giusto e togliere l’ “a capo” (\\) dopo la scrittura del numero.
Provaci e vedrai che non ci vuole così tanto coraggio; l’importante è che tu non modifichi la classe, ma che ti copi e incolli i comando da modificare nel tuo preambolo o nel tuo file di macro personali, e su queste macro puoi farci quello che vuoi; se lasci la definizione con \def non devi preoccuparti di nulla; se c’è \newcommand lo devi cambiare in \renewcommand; ricordati che nel file .sty di macro personali non devi fare nessuna cosa particolare, ma nel preambolo devi rendere il codice di categoria del segno @ uguale a quello delle lettere,, cosa che ottieni con il comando \makeatletter.