Benché il pacchetto subeqnarray sia firmato da Johannes Braams e non sia tanto vecchio, solo del 2004, vuole essere una estensione di eqnarray che è l’ambiente di allineamento delle equazioni del nucleo di LaTeX, che NON bisogna usare perché la spaziaure attorno alla colonna che contiene il segno di uguale non è coerente con le spaziature matematiche.
Per altro tu carichi amsmath; quindi perché non usi le facility di amsmath? Amsmath è più vecchio, ma è ben collaudato e funziona come un orologio svizzero: nella sezione 3.11.3, pagina 7, descrive l’ambiente subequations dentro il quale qualunque altro ambiente di allineamento viene numerato con la numerazione composita e con gli allineamenti perfetti che solo gli ambienti di amsmath sanno fare.
Vedo che @ansys mi ha preceduto di qualche secondo, ma credo di avere aggiunto anche il perché non devi usare subeqnarray.