Caricare pacchetti \AtBeginGocument può essere dannoso ma ricordiamoci che hyperref deve essere caricato dopo ogni altro pacchetto che modifichi contatori, label, ref, comandi di sezionamento e tutte quelle cose su cui hyperref deve rimettere le mani per ridefinirli al fine di attacarci le ancore e i bersagli.
Chiaro, \hypersetup deve essere dato dopo aver caricato hyperref, ma a quel punto può anche essere dato dopo \begin{document}, per esempio con \AfterPreamble, ma anche semplicemente da parte dell’utente in modo del tutto tradizionale.
Per caricare pdfx e apportare subito dopo le correzioni necessarie per rendere i font cmsy compatibili con PDF/A bisogna farlo dentro la classe, e siccome pdfx carica hyperref, vedi che bisogna fare acrobazie di ogni genere.