Non so che dire, ho provato anche io il file di esempio che hai riportato e funziona anche a me.
In compenso il mio non va, anche se alle brutte posso fare a meno della bipartizione dell’indice e amen 🙂
Metto il file principale immaginando che tu riesca facilmente a capire dov’è il problema.
Boh!
`%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% PREAMBOLO %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\documentclass[a4paper]{report}
\usepackage[a4paper,left=2.0cm,right=2.5cm,bindingoffset=18mm, top=2.5cm, includeheadfoot, heightrounded, bottom=2.5cm, footnotesep=0.5cm ]{geometry} %footnotesep si riferisce solo alle footnotes tradizionali (con numero)
\usepackage{microtype} % Migliora il riempimento delle righe con micro-aggiustamenti nei font
\usepackage{comment} % Per poter commentare ampie sezioni di testo con \begincomment
\usepackage{longtable} % Per splittare tabelle lunghe su più pagine
\usepackage{ledmac}
\footparagraph{A} % Note di varianti di seguito, non in colonna
\footparagraph{B} % Note di commento di seguito
%\renewcommand{\notenumfont}{\bfseries} % Scrive in grassetto i numeri delle righe di apparato
\usepackage{perpage} % Per azzerare il counter delle note con lettera a ogni pagina
\usepackage{alphalph} % Per poter andare oltre la “z” nelle note con lettera
\MakePerPage{footnoteB} % azzera il contatore delle footnoteB (cioè le rif)
\interparanoteglue{0.3cm plus .4em minus .4em} % Spazio tra una rif. e l'altra (in orizzontale)
\addtolength{\skip\Afootins}{0.5cm} % Aggiunge spazio tra le note
\addtolength{\skip\Bfootins}{0.5cm}
\usepackage[libertine={Ligatures=TeX,Numbers=OldStyle}]{libertineotf} %Font principale
%%%%%%%%%%%%%%%%%%% COMDANDI PER LA CUSTOMIZZAZIONE DI CAPITOLI / SEZIONI/ E TESTATINE%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%\setcounter{secnumdepth}{-2} % Setta il counter delle sezioni a -2 (non lo stampa ma le mette lo stesso nell'indice)
\usepackage{fancyhdr} % Stile delle testatine
\pagestyle{fancy} % Stile delle testatine, v. documentazione in italiano
\usepackage[Lenny]{fncychap} % Cambia lo stile del titolo del capitolo
\renewcommand{\chaptermark}[1]{%
\markboth{\thechapter.\ #1}{}} % In testata stampa solo il num. del capitolo e il relativo titolo in minuscolo
\renewcommand{\sectionmark}[1]{} % Non stampa nelle testatine il titolo della section
\makeatletter
\renewcommand\section{\@startsection % Ridefinisce lo stile dei titoli di sezione :
{section}{1}{1em}% % name, level, indent
{\baselineskip}% % beforeskip
{0.5\baselineskip}% afterskip
{\normalfont\large\bfseries\scshape}} % % style
\makeatother
\makeatletter % Ridefinisce lo stile dei titoli di subsection
\renewcommand\subsection{\@startsection
{subsection}{2}{0mm}%name, level, indent
{-\baselineskip}% beforeskip
{0.5\baselineskip}% afterskip
{\normalfont\large\itshape}}% style
\makeatother
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\newskip\prefootskip % the big initial skip
\prefootskip=3.3em plus .6em minus .6em
\usepackage{booktabs} % Per fare i filetti orizzontali nelle tabelle
\usepackage{verbatim} % Per citazioni verbatim con caratteri speciali
\usepackage{polyglossia} % Per le sillabazioni
\setmainlanguage{italian}
\setotherlanguage[variant=ancient,numerals=arabic]{greek}
\setotherlanguages{english,latin, greek}
\usepackage{excludeonly}
\usepackage{pstricks} % Seguono tre pacchetti per gli stemma codicum con pst-jtree
\usepackage{pst-xkey}
\usepackage{pst-jtree}
\setcounter{firstlinenum}{1} %numera ogni linea
\setcounter{linenumincrement}{5}
\renewcommand{\thefootnoteB}{\alphalph{\value{footnoteB}}} % Mette note a piè di pagina contrassegnate da lettera, che va oltre la z (alphalph)
\footparagraphX{B}
\renewcommand*{\notefontsetup}{\normalsize} %%specifica la dimensione dei font per le note di 2a e 3a fascia
\renewcommand*{\notenumfont}{\normalsize} %%specifica la dimensione dei font per i numeri di linea nelle note
\newcommand{\notetextfont}{\normalsize}
\renewcommand*{\numlabfont}{\normalfont\normalsize} %%specifica la dimensione dei font per i numeri di linea in margine
\renewcommand*{\footnotesize}{\normalsize} % specifica la dimensione dei font per le footnote (1a fascia)
\let\nota=\footnote % Nota normale, con numero, incolonnata
\let\rif=\footnoteB % Nota con lettera, in linea, per riferimenti biblici
\let\marg=\ledrightnote % Note a margine dx, per indicare il foglio
\let\ap=\textsuperscript % Per fare gli apici (es. recto e verso)
\noendnotes %% no endnotes
\setlength{\ledrsnotewidth}{4em} %% narrow sidenotes
\newcounter{para} % Definisce un contatore che contenga i numeri dei capoversi
\newcommand{\newpar}{\refstepcounter{para} % Queste due righe per numerare i capoversi
\noindent{{\bfseries \arabic{para}}}\hspace{1.5ex}} %{\parindent}\ignorespaces}
\setlength{\parindent}{0pt} %Non indenta la prima riga al di fuori dei paragrafi
\newcommand\NuovoPar{\pstart\newpar} %Definisco un nuovo comando con argomenti: \pstart e \newpar
\newcommand\FinePar{\pend\vspace{4ex}} %Definisco un nuovo environment con argomenti: \pend e \vspace{4ex}
\hbadness=10000 %non stampa nella console i messaggi Underfull hbox
\vbadness=10000 %non stampa nella console i messaggi Underfull vbox
% \renewcommand{\footfudgefiddle}{71} %ridimensiona lo spazio da dedicare alle note per non creare overfull vbox (verticali)
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%COMANDI DI BILIOGRAFIA%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\usepackage[style=verbose-trad1, firstinits=true, indexing] {biblatex} % Specifica lo stile della bibliografia con citazioni estese, nome puntato . Indexing serve per fare gli indici dei nomi
\bibliography{Bibliografia} % Specifica il nome del file di bibliografia
\usepackage[babel]{csquotes} % Per citare in altre lingue
\renewcommand*{\bibfont}{\large} % Setta il font della bibliografia a “large” (circa 12pt)
\DeclareNameFormat{sortname}{% %Questo paragrafo per mettere in maiuscoletto SOLO autore e curatori
\ifnum\value{listcount}=1\relax
\iffirstinits
{\textsc{\usebibmacro{name:last-first}{#1}{#4}{#5}{#7}}}
{\textsc{\usebibmacro{name:last-first}{#1}{#3}{#5}{#7}}}%
\ifblank{#3#5}
{}
{\usebibmacro{name:revsdelim}}%
\else
\iffirstinits
{\textsc{\usebibmacro{name:first-last}{#1}{#4}{#5}{#7}}}
{\textsc{\usebibmacro{name:first-last}{#1}{#3}{#5}{#7}}}%
\fi
\usebibmacro{name:andothers}}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%QUESTA ROBA PER RIDEFINIRE COSA VA NELL'INDICE DEI NOMI (cf.articolo Cevolani)%%%%%%%
\renewbibmacro*{citeindex}{%
\ifciteindex
{\indexnames{labelname}}%
{}}
\renewbibmacro*{bibindex}{%
\ifbibindex
{\indexnames{author}%
\indexnames{editor}%
\indexnames{editora}%
\indexnames{editorb}%
\indexnames{editorc}}%
{}}%
\DeclareIndexNameFormat{default}{%
\usebibmacro{index:name}{\index[nomi]}{#1}{#3}{#5}{#7}}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\usepackage{Teobible}
\renewcommand*{\biblerefindex}{\index[rif]}
\usepackage{imakeidx} % Creazione di indici multipli
\makeindex[title=Incipitario] % Genera l'indice di default
\makeindex[name=nomi,title=Indice dei nomi,columns=2] % Genera altro indice, che prende i nomi da bibLaTeX (vedi sopra)
\makeindex[name=rif,title=Indice dei riferimenti biblici, columns=1] % Genera altro indice di riferimenti biblici (v. bibleref e Teobible.sty)
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\usepackage{calc} % DA QUI PACCHETTO e COMANDI PER CUSTOMIZZARE LE LISTE
\newenvironment{Description} % Nuova lista chiamata “Description” (D maiuscola)
{\begin{list}{}{\let\makelabel\Descriptionlabel
\setlength\labelwidth{100pt}% % larghezza in punti della label
\setlength\leftmargin{\labelwidth+\labelsep}}}%
{\end{list}}
\newcommand*\Descriptionlabel[1] % Comandi che consentono di andare a capo se la label è lunga
{\raisebox{0pt}[1ex][0pt]%
{\makebox[\labelwidth][l]%
{\parbox[t]{\labelwidth}%
{\hspace{0pt}\bfseries\large\slshape{#1:}}}}} % Customizzo aspetto del font di label
\title{La Liturgia Bizantina nel Salento del XII secolo}
\author{Valerio Polidori}
\date{}
%%%%%%% SEGUONO COMANDI PER FARE UNA CITAZIONE SENZA IL NOME DELL'AUTORE %%%%%%%%%%%%%%%
\DeclareNameFormat{blank}{}
\DeclareCiteCommand{\blankfullcite} % blankfullcite ritorna una citazione nel testo
{\usebibmacro{prenote}}
{\usedriver
{\DeclareNameAlias{sortname}{blank}}
{\thefield{entrytype}}}
{\multicitedelim}
{\usebibmacro{postnote}}
\DeclareCiteCommand{\footblankfullcite}[\unspace\footnote] %footblankfullcite ritorna una citazione in nota
{\bibsentence
\usebibmacro{prenote}}
{\usedriver
{\DeclareNameAlias{sortname}{blank}}
{\thefield{entrytype}}}
{\multicitedelim}
{\usebibmacro{postnote}\addperiod}
\let\citewa=\blankfullcite
\let\footcitewa=\footblankfullcite
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% TEMPORANEO: COSA RICOMPILO %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%\includeonly{Files/Introduzione, Files/Diataxis_Edizione}%, Files/Diataxis_Traduzione}%, Files/Edizione}
%\excludeonly{Files/Capitolo05, Files/Diataxis_Edizione, Files/Diataxis_Traduzione}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% INIZIO DOCUMENTO %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\begin{document}
\fontsize{14}{20} % Dimensione del Font e Interlinea in punti. (20=doppia)
\maketitle % Stampa il titolo
\tableofcontents % Stampa l'indice generale
\part{La Liturgia Bizantina nel Salento del XII secolo.}
\begin{italian}
\include{Files/Introduzione}
\include{Files/Capitolo01}
\include{Files/Capitolo02}
\include{Files/Capitolo03}
\include{Files/Capitolo04}
\include{Files/Capitolo05}
\end{italian}
\part{Ott.gr.344.\\
Edizione.}
\beginnumbering % Inizia a numerare le righe
\begin{greek}[variant=ancient]
\include{Files/Edizione}
\end{greek}
\endnumbering % Finisce di contare le righe
\part{La \emph{Lettera Patriarcale}}
\beginnumbering % Inizia a numerare le righe
\begin{greek}[variant=ancient]
\include{Files/Diataxis_Edizione}
\end{greek}
\endnumbering % Finisce di contare le righe
%\pagebreak
%\beginnumbering
%\begin{italian}
%\include{Files/Diataxis_Traduzione}
%\end{italian}
%\endnumbering
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%BIBLIOGRAFIA%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\cleardoublepage
\fontsize{14}{20}\selectfont
\nocite{*}
\addcontentsline{toc}{chapter}{\bibname}
\printbibliography %compilare prima il file .aux con TexWorks!
\printindex % Indice eortologico.
\printindex[nomi] % Indice dei nomi
\printindex[rif] % Indice dei riferimenti biblici
\end{document}
\endinput
`