No, con TeXshp non devi ripetere la manfrina, che tu abbia o non abbia blindato il file con le righe magiche: prima di salvarlo clicca la finestrinaa centrale in basso, scegli la codifica con cuoi vuoi salvalo e salvalo con quella codifica che hai scelto; quando lo riatri il file viene letto correttamente con la nuova codifica.
In teoria potresti fare la stessa cosa con TeXShop, perché il dialogo di export (non quello di save che serve solo la prima volta che crei un file), ti permette di scegliere la codifica con cui salvare. Io qualche volta ho dovuto riptere l’operazione, ma non ricordo quale errore facevo o quale dimenticanza facevo.
TeXstudio indovina bene la codifica di un file utf-8; classifica latin1 qualsiasi altra codifica diversa da utf-8, anche se fosse una MacRoman, per esempio. poi per il resto, magari si riesce a gestire al situazione, ma non è vero che indovini anche latinin1.
Texmaker non so bene cosa faccia.
TeXnicle, che ho finalmente installato, dovrebbe comportarsi come dici tu, ma non ho avuto tempo di collaudarlo in questo senso, perché lo trovo difficile da gestire, anche se il full screen in effetti permette di lavorare a proprio agio, specialmente sull’iMac da 21 pollici che uso a casa.