La bibliografia alla fine di ogni capitolo puoi realizzarla con Biblatex. La procedura non è immediata (richiede un intervento da riga di comando), ma è spiegata nei paragrafi 3.10.2 e 3.10.3 del manuale. Serve un unico file .bib per tutto il documento.
La modifica dello stile della bibliografia è spiegata nel paragrafo 3.5.7. Trovi la spiegazione dei comandi nel par. 3.8.3. Quello che interessa a te è [tt]\leftmargin[/tt] e [tt]\itemindent[/tt], per i quali puoi usare le definizioni di Ivan, ad esempio (va da se che devi prima aver impostato [tt]\parindent[/tt] ad un valore non nullo), oppure attribuire banalmente un valore numerico, come fa Ivan per [tt]\itemsep[/tt]. Ti faccio notare che le definizioni che trovi nel par. 3.5.7 del manuale di Biblatex relativamente a questi due comandi sono identiche a quelle di Ivan, perché [tt]\bibhang=\parindent[/tt] (se non lo ridefinisci), quindi…
Ciao