Probabilmente se scrivi which pdftex ti da una path del tipo [tt]/usr/share\texlive/…] o qualcosa del genere, che è il path della versione TeXLive installata con apt-get.
Questa non disinstallarla (anche se è vecchia di almeno un paio d’anni), perché serve per soddisfare le dipendenze Debian.
Scaricati invece texlive-ubuntu.pdf dalla rete e segui le instruzioni che vi compaiono; probabilmente, se hai installato TeX Live 2011 senza seguire le istruzioni del testo che ti ho indicato, ce l’hai sul disco ma è “dorminete” perché non accessibile dei comandi soliti; quindi probabilmente ti basta eseguire solo quei pochi passi che servono epr rendere accessibile la versione TL2011. D’altra parte se apri un qualunque file log di qualunque file che tu abbia compilato, compreso questo che ti indica la presenza di un comando già definito, nella prima riga trovi esattamente il nome dell’eseguibile che è stato usato per compilare e in particolare la versione, la sua data, e se è Debian; se è Debian, appunto, quella è la sorgente dei tuoi guai. Di nuovo la raccomandazione è quella di seguire le istruzioni di Enrico nel suo documento (avendo cura di scalare le date di un anno, visto che il documento originariamente era predisposto per installare la versione 2010) e, se per caso la versione 2011 effettivamente risulta installata (in /usr/local/texlive/2011/…), anche se non accessibile, probabilmente la rendi accessibile e te la cavi con poco; altrimenti ti tocca fare l’installazione partendo da zero ma sempre seguendo scrupolosamente le istruzioni di Enrico, passo dopo passo, senza saltare niente.