Posso provare a darti una risposta. Naturalmente, per personalizzare un documento, a meno che uno non sia un guru, è bene fare affidamento su pacchetti predefiniti, piuttosto che su macro confezionate in casa, specialmente se le modifiche che si vogliono apportare sono pesanti. Un pacchetto fatto bene, infatti, modifica le impostazioni di default in maniera consistente — ed è proprio quello che, per inciso, è difficile fare con un front end grafico per LaTeX.
Se il formato che si vuole ottenere differisce molto da quello predefinito e va a modificare molti elementi del documento (area del testo, titoli di sezione, testatine, ecc.), usare molti pacchetti può portare, come hai fatto notare tu, a conflitti interni. In questo caso forse la cosa migliore è utilizzare delle classi che offrano di suo molte possibilità di personalizzazione: ad esempio la classe memoir o quelle del pacchetto koma-script. Sono quasi sicuramente presenti nella tua distribuzione (altrimenti le trovi su CTAN) ed hanno il pregio ulteriore di essere ben documentate. Il manuale della classe memoir, in particolare, ha un’utilissima introduzione ai concetti elementari della tipografia.
In questo modo, anche senza essere un esperto informatico (neanche io lo sono, le mie conoscenze in questo campo sono davvero basse) è possibile modificare le impostazione predefinite e anche cominciare ad interessarsi al come si fa vedendo le soluzioni che altri hanno trovato.
Ciao,
Max.
ps: non preoccuparti, la curva di apprendimento all’inizio è piuttosto ripida per tutti.