Nell’appendice sulle codifiche della GuidaGuIT si parla di codifiche, certamante, ma tanto tu userai certamante utf8, quindi da quel punto di vista sei a posto.
Se ti arrivano contributi in Word, non ci sono problemi come puoi leggere nel paragrafo D.4, ma anche all’inzio dell’appendice si paral del problema di cambiare codifica ai file esterni.
In realtà i problemi sono minori di quel che potrebbe sembrare quando si devono incorporare contributi in Word, specialmente se sono stati composti con qualche versione recente di Word. Infatti ciò che contengono dovrebbe già essere unicode o utf8; basta copiarlo dalla finestra Word e incollarlo nella finestra del file sorgente .tex; poi si aggiunge il markup, come racchiudere i titolo come argomenti di \chapter, \section, eccetera; ci sarà da fare qualcosa per le figure incorporate, ma quello ci sarebbe lo stesso; fatti consegnare il materiale grafico dagli altri autori in modo che tu possa lavorare sugli originali, invece di doverli copiare dal file Word (necessariamente con risoluzione insufficiente) per poi salvarli in un formato gestibile da xe- o pdf-latex.
Se non ci sono formule sei a cavallo, perché il lavoro è veramente poco rispetto a quello che dovresti fare se usassi, per esempio, la codifica latin1.
Ci sarebbe il plug-in writer2latex per Open/LibreOffice per trasformare un documento Word in un Documento LaTeX; il risultato non è male, ma la conversione è fatta per mantenerne la forma, non per marcare il contenuto, quindi il mark-up LaTeX inserito da questo plug-in talvolta/spesso è inutilmente complicato. Secondo me fai prima con il copia e incolla, rispetto a ripulire il codice generato da questo plug-in delle cose inutili e, talvolta, delle cose indesiderate.