Intervengo perché mi sono trovato in una situazione analoga alla tua, ho dovuto infatti convertire numerosi contributi originariamente in doc per ottenere LaTeX.
Ti segnalo che il plugin writer2latex può essere facilmente personalizzato in modo da ottenere solo il testo con le footnote il testo quoted e le \section, in modo da avere un testo poi facilmente includibile in un file con un preambolo personalizzato.
A questo proposito ho preferito procedere in questo modo:
1. apro il file doc con openoffice
2. formatto le citazioni specificando lo stile Citazione, così per gli altri elementi che mi interessa riconoscere in automatico
3. salvo in odt e chiudo
4. lancio direttamente il binario che sta dietro al plugin di openoffice:
java -jar writer2latex.jar -config config.xml fileoriginale.odt output.tex
5. a quel punto posso includere il file ottenuto in un .tex completo
Ti allego qualora ti potesse essere utile copia del file di configurazione, volutamente scarno, che uso per writer2latex
Saluti
Pietro