Essenzialemnte non basta cambiare l’opzione a inputenc e a scivere in testa la riga magica per la codifica utf8; bisogna che il file sia salvato con la codifica utf8. Siccome nella sezione Documentazione c’è la guida tematica relativa alle codifiche; leggila, non è lunga, ma puoi andare direttamante all’ultimo paragrafo se vuoi fare in fretta; ma se vuoi capire eprché devi davvero leggerti tutto quanto.
Puoi convertire la codifica semplicemente con TeXworks, ma devi fare molta attenzione all’opzioni che scegli nella finestra di dialogo per salvare o esportare il file.
Aggiorn ala tua distribuzione a MacTeX 2012; non ha niente a che vedere con il tuo problema, ma è sempre meglio essere aggiornati; si hanno sorprese sgradevoli molto meno spesso.