forse usando XeLaTeX con il pacchetto mathspec; scegliendo i caratteri greci da una polizza unicode, senza nessuna mappatura. Com XeLaTeX usi solo utf8 e non devi specificarlo, perché è il default. Meno che mai devi specificare utf8x.
Io un tentativo, fossi in te lo farie. Ma benché io abbia già usato XeLaTeX in lungo e in largo, senza veramente trovare grossi problemi (la scelta dei font e delle loro features con mathspec e fontspec [che viene chiamato da mathspec] è delicata, ma bisogna evitare di scoraggiarsi leggendo la documentazione dei due pacchetti), non ho mai usato seriamente biblatex; l’ho usato ma senza cercare di fare cose impossibili per la mia ignoranza. biblatex non è incomptibile con utf8, ma solo con utf8x, che io sappai; inoltre ora la bibliografia può venire anche estratta dal database bibliografico (codificato in utf8) e composta usando biber, che dovrebbe fare anche più cose di quelle che si possono fare con bibtex; bisogna leggere con attenzione la bibliografia per impostare biblatex e le sue risorse in modo adeguato, ma non è difficile, è solo diverso da quanto si faceva fino a giungo 2012.
Ripeto; non ho assolutamente la certezza che tu possa fare quello che ho detto, ma secondo me varrebbe la pena di fare un tentativo.