Per sapere se sono davvero entrambi a spaziatura fissa, oppure se soltanto sembrano tali, apri il file pdf con Adobe Acrobat, e premmi Ctrl+D; scegli la linguetta Fonts e leggi i nomi dei font usati; se per il font greco ottieni grmn1000 (o con un altro numero come 1200 o simili, che rappresenta il corpo ottico moltiplicato per 100) vuol dire che hai l’equivalente del tondo (il greco non ha il tondo in senso stretto) proporzionale; mentre se ottieni grtt1000, hai il greco monospaziato. siccome stai scrivendo un listato e, in particolare, la lettera greca che scrivi non fa parte di una parola, ma è un simbolo isolato, è molto probabile che lstlisting te la faccia apparire adeguatamente spaziata dagli altri simboli adiacenti, per cui non noti la spaziatura diversa.
Usando il Bera Mono, potrebbe essere utile usare la procedura descritta in teubner per essere sicuro di avere la famiglia greca corrispondente a quella del testo circostante. Ma se il risultato del listato ti piace comunque, resta pure così.