Samiel,
il problema della diversa sillabazione del greco politonico componendo con padlatex+microtype o con xelatex+microtype va preso e affrontato in modo diverso;
Ammesso che microtype abbai i giusti file di descrizione degli accostamenti, delle protrusioni e delli allargamanti, anche con il font greco (ne dubito fortissimamente) pdflatex dovrebbe fare un lavoro migliore di quello che si riesce a fare con xelatex per il quale microtype consente solo la protrusione.
Siccome ho il sospetto (molto fondato) che con un font per l’alfabeto greco nemmeno pdflatex può usare l’espansione, vuol dire che sotto questo aspetto pdflatex e xelatex dovrebbero fare le stesse cose.
Perche allora compongono diversamente lo stesso testo sulla stessa giustezza? perché lavorano con file di pattern diversi per la sillabazione; xelatex consente di specificare la la lingua greca l’opzione variant=ancient, oppure variant=poly, oppure variant=mono; nei tre casi in teoria dovrebbe usare tre insiemi di pattern diversi, in pratica poly e ancient sono sinonimi. psdlatx disporrebbe anche lui di tre insiemi diversi di sillabazione, ma di fatto ne usa uno solo, l’equivalente di ancient, che però assume per il testo greco la translitterazione LGR; il file per la silllabazione xelatex/poly e quella per pdflatex sono quindi diversi anche se si riferiscono idealmente alla stessa orpografia greca.
Per il resto, \tolerance, \pretolerance, \emergencystretch, e compagnia, sono dette molte cose nella Guida GuIT nei due capitoli che riguardano la sillabazione e la formazione delle pagine. La verità “assoluta” su questo argomento è descritta nell’appendice H del textbook, ma anche in altri capitoli dello stesso testo, dove si parla della composizione dei capoversi e nella divisione delle pagine; vi ho attinto a piene mani per la guida GuIT, ma ovviamente non ho riportato tutto quello che ha scritto Knuth.
Temo però, come puoi capire bene, che i diversi pattern che vengono usati da xelatex e da pdflatex (incorporati nei rispettivi formati xelatex.fmt e pdflatex.fmt) siano all’origine del tuo problema.
Naturalmente tu disponi di testi lunghi con molti capoversi da confrontare; io ho solo dei piccoli esempi, ma non ho mai rilevato differenze fra le composizioni eseguite con xelatex e pdflatex.