Con il testo che ora hai inviato non ho problemi di sorta, né con i tratti medi disgiunti, neé con gli apostrofi; il file che ti allego è ottenuto dal tuo sorgente aggiungendo solo il pacchetto multicols e un mio pacchettino personale che serve epr scrivere una parola per ogni riga divisa in sillabe come la farebbe *latex con le sue impostazioni di default; per farlo funzionare ho dovuto eliminare \lettrine, che per altro non mi pare possa essere responsabile di divisioni sillabiche differenti o di diversi modi di trattare le penalità.
https://dl.dropbox.com/u/46128876/SillabazioneSamiel.png
La composizione è eseguita con xelatex, le prime righe del file log riportano:`
This is XeTeX, Version 3.1415926-2.4-0.9998 (TeX Live 2012) (format=xelatex 2013.3.1) 3 APR 2013 10:37
entering extended mode
\write18 enabled.
file:line:error style messages enabled.
%&-line parsing enabled.
**TestSamiel.tex
(./TestSamiel.tex
LaTeX2e <2011/06/27>
Babel
rman-x-2012-05-30, ngerman-x-2012-05-30, afrikaans, ancientgreek, ibycus, arabi
c, armenian, basque, bulgarian, catalan, pinyin, coptic, croatian, czech, danis
h, dutch, ukenglish, usenglishmax, esperanto, estonian, ethiopic, farsi, finnis
h, french, friulan, galician, german, ngerman, swissgerman, monogreek, greek, h
ungarian, icelandic, assamese, bengali, gujarati, hindi, kannada, malayalam, ma
rathi, oriya, panjabi, tamil, telugu, indonesian, interlingua, irish, italian,
kurmanji, latin, latvian, lithuanian, mongolian, mongolianlmc, bokmal, nynorsk,
piedmontese, polish, portuguese, romanian, romansh, russian, sanskrit, serbian
, serbianc, slovak, slovenian, spanish, swedish, turkish, turkmen, ukrainian, u
ppersorbian, welsh, bohairic, loaded.
…
(/usr/local/texlive/2012/texmf-dist/tex/latex/fontspec/fontspec.sty
Package: fontspec 2013/03/16 v2.3a Font selection for XeLaTeX and LuaLaTeX
…
Package: expl3 2013/03/14 v4469 L3 Experimental code bundle wrapper
…
Package: fontspec-xetex 2013/03/16 v2.3a Font selection for XeLaTeX and LuaLaTeX
…
`
Se disponi di una versione di TeX Live recente anche l’elenco delle lingue dovrebbe essere lo stesso, tranne per bohairic, che è nio personale.
Ho riportato alcune date di pacchetti recenti e le ultime modifiche dei pacchetti usati risalgono al 16 marzo 2013.
L’opzione Ligatures=TeX fa il suo mestiere come previsto.
Ciao
Claudio