Non so da dov tu abbia scaricato quei comandi, i quali istigano a delinquere, pperché modificano o cercano di modificare senza l’autorizzazione di root o super user le cartelle della distribuzione ufficiale.
Ora non ho ben capito o non ricordo bene se ha detto quale distribuzione di TeXLive usi, se sia la versione Debian o se sia la versione ufficiale.
Se usi la versione Debian allora il tuo updater dovrebbe avere i nomi dei file deb da installare con apt-get.
Se usi la TeXLive ufficiale allora disponi del programma (volendo con interfaccia grafica) tlmgr (che è il solito acronimo di TeX Live ManaGeR) che ti permette di aggiornare alla situazione di fine marzo 2013 la distribuzione ufficiale (ora gli aggiornamenti osno congelati perché stanno confezionando la versione ufficiale del 2013).
Il problema che credo tu abbia, ma naturalmente posso sbagliarmi, è che hai una installazione Debian di TeX Live; questa diistribuzione, anche se porta la data del 2012, non è la data officiale, perché il consorzio Debian ci mette solitamente un apio d’anni a validare TeX Live, e quindi la distribuzione TL/Debaian è sempre in ritardo di un paio d’anni rispetto alla distribuzione ufficiale.
Ora questo è un momento infausto per eseguire una installazione ufficiale accanto alla Debian, perché la distribuzione Debian ha bisogno di quella versione er soddisfare le dipendenze dialtri pacchetti Debian. Ci sono due modi per superare questa impasse:
1) installare la versione ufficiale seguendo le indicazioni contenute nel documento texliveubuntu.pdf che non vale solo per Ubunto ma anche per altre versioni Debian; nell’eseguire le istruzioni contenute in quel documento adatta i comandi alla tua aprticolare incarnazione di Linux e ricordati di cambaire le date spostando il 2012 al 2013 e il 2011 al 2012. Per il resto non cambia quasi niente.
2) cerca sul forum; esistono delle vie per disinstallare la versione TL/Debian e inserire una aggiunta ai file che contengono i pacchetti installati, aggiunta che serve per far credere a Debian di avere a bordo la TL/Debian, mentre tu, invece, installai la TL/ufficiale.
Complicato; be sì, un po’; la complicazione nasce dal fatto che esistono diverse versioni di Linux (alcune centinaia) e che è difficile dare indicazioni valide per tutte queste varianti di Linux.