Se wheris ti dà due risultati, hai de distribuzioni installate; quella che ti interessa è quella che comincia con /usr/local/texlive/2013/
Nelle preferenze devi semplicemente mettere/cambiare le radici dei percorso affinché comincino con /usr/local/texlive/2013/
In alternativa disinstalla completamente TeXwork e reinstallalo; completamante vuol dire anche relativamente ai file nascosti; siccome non ho ubuntu sotto mano, non saprei dirti come si fa.
Quando installasti TeXLive 2013 la guida ti diceva esattamante come e dove installare installare la TeX Live completa. Rivedi quel testo. Prova anche a dare da terminale il comando kpsewhich pdflatex, e vedi se lo trova correttamente con un path completo che comincia con /usr/local/texlive/2013/
Se sì, allora l’installazione è corretta.
Kile non serve a niente se non hai il KDE; nel senso che KILE sta per KDE Integrated LaTeX Environment; quindi se non ha l’interfaccia grafica KDE, lascialo perdere e smontalo. Comunuque TeXworks e Kile sono due programmi distinti e non interferiscono l’uno con l’altro.