L’elenco dei path della tua immagine contiene la prima riga in blu che credo non abbia nessun senso e nessun uso.
La seconda riga è i link che hai creato durante l’installazione. le altre righe dovrebbero poter accedere a comandi del sistema che non facciano parte della distribuzione TeX, per esempio ghostscript, asymptote, ed altri programmi utili quando si compone con i programmi del sistema TeX, ma non facenti parte del sistema stesso.
Ora che hai cancellato Kile, rimuovi la TeXLive installata dal repo quando hai installato Kile.
Nello stesso tempo leggi la documentazione di TeXLive con texdoc texlive; puoi vedere che cosa dice per sapere a che cosa puntino le variabili di sistema che servono a kpse**** per trovare i file che gli servono; anzi prova anche con texdoc kpathsea e vai alla pagina 27 dove c’è tutta la spiegazione di come il sistema TeX trova i suoi file. Poi sperimenta con il programma kpsewhich specificando il nome completo dei file che compilando da TeXworks sembrerebbero mancare. Se kpsewhich li trova, li deve trovare anche pdflatex. Se hai cancellato la distribuzione incompleta TeXLive (Debian) scaricata dal repo; kpsewhich e pdflatex, che ne fa uso, devono torvare tutti i file necessari.