A me funziona benissimo con gli accenti se nelle opzioni di \makeindex specifico:`program=texindy,options={-Litalian -Iomega}`
Prova con questo esempio minimo:`% !TEX encoding = UTF-8 Unicode
\documentclass{article}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{lmodern}
\usepackage{imakeidx}
\makeindex[program=texindy,options={-Litalian -Iomega}]
\begin{document}
\index{Ciao”!@Ciao}Ciao!
rete\index{rete@rete\dots}
à\index{à}a\index{a}
ç\index{ç}c\index{c}
è\index{è}È\index{È}é\index{é}
Ì\index{Ì}
ò\index{ò}ù\index{ù}
\printindex
\end{document}`
D’altra perte scrivere [tt]program=truexindy,options=-M texindy[/tt] è la stessa cosa che scrivere solamente [tt]program=texindi[/tt]
Ammetto che la documentazione di xindy è molto lacunosa e difficile da intepretare e il metodo sperimentale continua a essere necessario; con i miei esperimenti sono arrivato alla stringa che ti ho indicato sopra.