Ciao,
è anche una “questione di abitudine”: mi rifeisco al problema iniziale dei file ausiliari.
Infatti, anche a me all’inizio disturbavano tutti questi file, fondamentali per come operano i formati del sistema TeX. Ero abituato alla corrispondenza biunivoca un file -> un documento.
Serve quindi un po’ di esperienza perché diventi naturale ritrovarsi nella stessa cartella dei sorgenti i file ausiliari.
Detto questo, che ricade nel discorso generale di un cambio di punto di vista, se vogliamo, più vicino al mondo Unix, aggiungo come mi comporto io con i file ausiliari:
se il documento è da ritenersi immutabile (per esempio una lettera ormai protocollata e non più modificabile), elimino i file ausiliari con la voce di menù in TeX works (uso anch’io questo editor per tutto). Da notare che il file compresso per SyncTeX non viene eliminato da questo comando in TeX works.
Mi ritrovo così i file del pdf ed il sorgente.
In tutti gli altri casi, lascio stare come sono tutti i file ausiliari. Conviene.
Se il progetto è controllato con un sistema di versioning — come git — è possibile escludere dalla gestione tutti i file ausiliari ed anche il pdf(1).
Saluti.
R.
(1) come esempio si veda il repository delle guide tematiche https://github.com/GuITeX ed in particolare i file .gitignore nei vari progetti.