È un falso problema: succederebbe anche se usassi latex, che in realtà già usi, perché LyX è solun editor; devi solo usare un editor diverso che ti consenta di avere maggiore controllo del preambolo e di quello che stai facendo.
LaTeX evita come la peste le righe orfane e le righe vedove; le prima sono costituite dalla prima riga di un capoverso dopo il quale si va alla pagina successiva; le secondo sono costituite dall’ultima riga di un capoverso prima delle quale ha avuto un salto pagina.
Per evitare quest brutture LaTeX allunga di un po’ lo spazio fra i capoversi; siccome nella pagina ti comincia un solo capoverso a metà pagina, quello spazio viene allungato di una riga, per evitare un riga orfana a fondo pagina ; suppongo infatti che nella apgina successiva a quella che ci hai mandato comincia un nuovo cpaoverso.