A me polyglossia con LuaLaTeX non ha mai dato problemi. Forse ne dava nel 2012, ma con al versione 2013 non ne ho più visti.
Inoltre permettimi, nel tuo codice scirvi`\usepackage{etex}
\usepackage{etoolbox}
% Codifica di input e di output
\usepackage[utf8]{inputenc}
% Scelta tipografica
\usepackage[italian]{babel}`
Concettualmente andrebbe usato il pacchetto polyglossia con `\uspackage[polyglossia}
\setimainlanguage[…]{italian}` dove come opzione per l’italiano poi specificare babbelshorthands
che ti attiva le scorciatoie che fanno uso del carattere ” (doppio apice dritto) per svolgere le stesse funzione che svolge quando si usa babel; se non ti interessano queste scorciatoie non mettere neanche le parentesi quadre.
Ma, sempre concettualmente [tt]\usepacjage[utf8]{inputenc} con lualatex e con xelatex NON si deve usare, perché il file sorgente DEVE essere salvato con la codifica utf8, ma non è necessario dirlo a lualatex o a xelatex, perché è così che se lo aspetta; inoltre inputenc ridefinisce della roba in base alla codifica di output dei font usati per la composizione, se non ne trova a che cosa serve?
Invece con lualatex o xelatex devi usare fontspec per gestire i font OpenType, e se non ne specifichi nessuno, usa i Latin Modern OpenType come impostazione predefinita. ma fontspec lo devi caricare comunque.