Il comando \thanks fa più o meno quello che desideri tu, solo che la definizione di \maketile fa si che alla fine della sua esecuzione renda vuoti o inefficaci tutti i comandi che ha usato; gra questi anche \thanks; quindi se ne conservi il significato prima di usare \maketitel, per esempio con `\let\originalthanks\thanks`, dopo avere usato \maketitle puoi ripristinarne il significato con un `\let\thanks\otriginalthaks`
Ma quello che vedo nei tuoi esempi è che continui a non mettere l’argomento facoltativo al comando \chapter; secondo me è essenziale farlo, perché se anche \footnote, o \thanks o quello che vuoi, diventa un gruppo di token spostati di qua e di là, scritti ne file ausiliari, riletti e magari eseguiti quando certe definizioni non sono ancora attive, rischi di sconvolgere l’indice e le testatine.
Perché l’asterisco sia più basso o più alto potrebbe dipendere dal fatto che per uno viene usato internamente carattere ASCII 42 mentre er l’altro viene preso il simbolo matematico del font cmsy**.pdf all’indirizzo 03 della sua codifica.