con il latex di distribuzione miktex 2.5.* il codice che hai indicato non funziona (almeno a me) perchè texify non è in grado di distinguere tra latex e pdflatex. con il comando texify ottenevo sempre un pdf e un errore perchè yap non aveva alcun dvi da visulaizzare.
correggendo il codice così invece è tornato tutto a funzionare come prima:
`\newif\ifpdf
\ifx\pdfoutput\undefined
\pdffalse
\else
\ifnum\pdfoutput=1
\pdftrue
\else
\pdffalse
\fi
\fi
\ifpdf
\documentclass[pdftex,12pt,a4paper,italian,oneside]{report}
\usepackage[pdftex]{graphicx}
\DeclareGraphicsExtensions{.png,.pdf,.jpg}
\RequirePackage[colorlinks,hyperindex]{hyperref}
\usepackage{thumbpdf} \else
\documentclass[12pt,a4paper,italian,oneside]{report}
\usepackage[dvips]{graphicx}
\RequirePackage[dvipdfm,hyperindex]{hyperref}
\fi`