Certo che con subequations ti esce 41, 4b, 4c, eccetera; La documentazione di amsmath lo spiega correttamente.
1) Di solito non si mette il contatore a zero prima di ogni esercizio; piuttosto si assoggetta il contantore al contatore degli esercizi per cui per l’esercizio 1 avrai le equazioni 1.1, 1.2, 1.3, eccetera. C’è un comando per agginungere un dato contatore alla reset listi di un altro contatore; mi pare che sia descritto proprio in amsmath.
2) Non c’è nulla che non vada in fleqn; semplicemente non lo si usa spesso, anche perché sarebbe utile usalre anche leqn ma necessario modificare lo spazio a sinistra delle equazioni per lasciare sufficiente spazio per il numero dell’equazione.
3) La correttezza formale di cui fai un esempio, non è correttezza formale, è un modo di scrivere il file sorgente che ti può aiutare a leggere quanto vi scrivi, ma non modifica sasolutamante l’equazione composta; sono i comandi espliciti di spaziatura che modificano il modo di comporre l’equazione. Le norme che ti ho citato in una altro messaggio riguardano il modo di scrivere la matematica delle scienze sperimentali, quelle che si riferiscono a ralazioni fra grandezze, non fra numeri o variabili matematiche. Per quelle norme ISO puoi riferirti alla Guida GuIT, oltre che all’Arte; Ma LaTeX compone da solo la matematica come sono abituati a fare i matematici; quindi per il tuo Documento non devi preoccuparti a meno che tu non debba comporra anche al parte che riguarda la fisica e la chimica.