Infatti il problema di Ubunto ed altre macchine conformi alle prescirzioni del consorzio Debia usano una versione vecchia di Adobe Reader; La mia versione, scaricata dal sito Adobe è la versione 11.0.07; come vedi la versione di cui disponi è vecchissima, diciamo almeno 5 anni (che sono tanti per un prodotto informatico).
Prava ad andare su http://www.adobe.com (oppure http://www.adobe.it) e vedi se ti riesce di scaricare direttamente una versione più recente.
Come puoi immaginare non è il tuo PDF che è protetto, è il tuo reader che non ce la fa. Hai provato a vedere se Okolar riesce ad annotare unPDF? Okular è il visualizzatore di default su Ubuntu, e probabilmente già dispone di queste funzionalità. Io non te lo posso assicurare, perché ho una macchina virtuale Ubuntu sul mio Mac, e vi posso usare anche certi programmi del Mac, quindi eventuali miei esperimenti non sarebbero affidabili né per il sì, né per il no.
Altri utenti che lavorano su Ubunto potrebbero dire se ci sono altri visualizzatori su ubuntu che sappiano inserire commenti; oppure se ci sono delle estensioni di Okular, dei plug-in, che ne estendano le funzionalità.