Il comportamento di multicols è tipograficamente corretto.
Se non vuoi le colonne bilanciate/pareggiate, non usare multicols; usa invece \twocolumns il cui argomento facoltativo ti permette di inserire un titolo a piena pagina, e il reto del testo su due colonne, non pareggiate nell’ultima pagina.
Se multicols non impedisse di inserire figure in colonna, io non userei altro che multicols, invece di \twocolumns; se non altro perché, volendo, potrei scrivere su tre colonne, invece che sempre e soltanto su due come fa \twocolumns.
\twocolumns è un comando standard di LaTeX; se vuoi saperne di più scaricati dalla sezione Documentazione di questo sito Il LaTeX Reference Manual commentato in italiano; cerca nell’indice analitico \twocolumns, clicca sul o sui numeri di pagina e leggi.