Bibliografia:

Usare la classe book senza usare i capitoli è sbagliato, perché le sezioni vengono numerate 0.1, 0.2, eccetera, e le sotto sezioni 0.1.1, 0.1.2, eccetera.

Per quel che riguarda la bibliografia leggiti il capitolo apposito nella guida per neofiti L’Arte di scrivere con LaTeX che puoi scaricare liberamente dal link che si trova nella sezione Documentazione di questo sito.

Avere i numeri neri per le sezioni e normali per le sottosezioni si può fare (ma è bruttissimo), ma prima o scegli un’altra classe come article, dove i capitoli non sono definiti, oppure o usi i capitoli.

Tornado a L’Arte, se hai pazienza di leggere i primi pochi capitoli prima di andare al capitolo dove si spiega come fare una bibliografia, capisci che LaTeX non è un comune word processor, e che certi pasticcetti che si possono fare con quei programmi non si fanno facilmente con LaTeX, perché LaTeX compone tipograficamente, non si limita a mettere le parole o certi simboli nella pagina.
E la tipografia è un arte che si può imparare anche da dilettanti (come sono io e molti altri in questo forum).
Sei alle prime armi e sei perfettamente giustificato nel chiedere come si fanno certe cose che tipograficamente non si devono fare; via via che usi LaTeX impari anche ad apprezzare i testi composti bene, come abbiamo fatto tutti noi dopo un po’ di esperienza, e ti cimenti in code, magari difficili, ma che sono tipograficamente corrette e in definitiva “belle”, come è nello spirito di qualunque arte.

Coraggio! La strada può essere lunga, ma se leggi L’Arte, la abbrevi moltissimo.

Appunto: quei comandi con le loro varianti sono già descritti ne L’Arte; siccome sono diversi a seconda della strategia che scegli devi propio leggerti quel capitolo; non te lo posso riassumere qui in due parole.