Bibliografia da pubmed

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  • #113637
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    Avrei una domanda per gli esperti di bibtex.
    È possibile convertire un file .nbib in .bib? Cioè io avrei da ricercare la mia bibliografia da pubmed che però mi salva questo formato strano, come lo importo su BibTex?

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    • #113638
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      Ho trovato la risposta andando per tentativi.

      Pubmed salva anche in XML ma sono XML particolari quindi, una volta installato Bibutils si deve procedere coi seguenti comandi:

      med2xml pubmed_result.xml > file.xml
      xml2bib file.xml > file.bib

      Fatto ciò tutto risulta sistemato (almeno controllando con KBibTeX su debian).

    • #113639
      gamboz
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        non so se risponde alla tua domanda, ma se hai a disposizione i doi, puoi ottenere un frammento bib cosi’:

        `curl -LH 'Accept: application/x-bibtex' https://doi.org/10.1038/s41586-018-0350-5`

        @article{Wu_2018,
        doi = {10.1038/s41586-018-0350-5},
        author = {Di Wu and …

        (con un minimo di scripting e’ possibile farlo per centinaia di DOI in pochissimo tempo – dettagli su richiesta 🙂

      • #113640
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        Non mi intendo di scripting ma potrei semplicemente fare un copia incolla semmai.
        Potrei mettere tutto su un file excell dove metto i doi e lui mi fa il codicino e poi copiaincollarlo dove serve.

        Il problema è dove dovrei incollare quel codice per ottenere il .bib?

      • #113641
        gamboz
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          Dovresti incollare il codice `curl…` in un terminale.

          su una macchina linux, potresti fare cosi’:

          crea un file che si chiama doi.txt (ad es. con gedit),
          e metti un doi per riga (salvalo in /tmp). Ad es.:

          10.1038/s41586-018-0350-5
          10.1056/NEJM199306103282306

          Poi apri un terminale
          e digita

          `for i in $(cat /tmp/doi.txt); do curl -LH 'Accept: application/x-bibtex' “https://doi.org/$i”; done >> /tmp/biblio.bib`

          dovresti avere il file /tmp/biblio.bib con la bibliografia.

          (su windows non saprei, forse cygwin…, ma curl? boh…, sorry 🙂

        • #113642
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          Non mi funziona il bibutils e col codice tuo mi esce un file vuoto

        • #113643
          gamboz
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            Devi essere piu’ particolareggiato altrimenti e’ impossibile aiutarti:

            1. per bibutils devi mostrare il file di partenza e il comando che usi

            2. per il “codice” devi mostrare la riga di comando che usi

            In generale, quando hai qualche errore o comportamento strano riparti dall’inizio e lavora su pochissimi dati (ad es. usa un file con un solo item bibliografico) e leggi tutti i messaggi che vengono riportati dal programma (se ce ne sono). Qualche volta e’ anche utile descrivere l’ambiente in cui lavori (sistema operativo, shell, editor, ecc.)

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