Caratteri accentati e comandi \input e \include

Secondo me il tuo problema nasce dal fatto che ha scelto al codifica latin1 per il documento principale, e probabilmente i file secindari sono salvati con codifica diversa, probabilmnete utf8, in ogni caso diversa da latin1.

amsfonts non ti serve specificarlo, perché è già caricato da amssymb.

Spero che newclude non sia un pacchetto che interferisce con l’inclusione di file nel modo corretto.

È inutile caricare fancyhdr se poi non se ne sfruttano le funzionalità; forse non le hai riportate nella parte di preambolo che mostri.

La definizione di \E contiene uno spazio di troppo; basta [tt]\newcommand\E{\`E\ }[/tt]

Il nome polutonikogreek è deprecato da una quindicina d’anni; ora poi lil supporto di babel al greco è tale da poter distinguere il monotonico dal politonico e dall’ancient.

Ma il nuovo (da tre anni circa) babel e le ultime (di 18 mesi fa) modifiche al supporto epr il greco consentono di scrivere direttamente in greco nel file sorgente purché tu specifichi la codifica utf8 al pacchetto inputenc.

L’opzione che passi al pacchetto [tt]inputenc[/tt] serve per “avvertire” LaTeX su quale codifica tu stai impiegando, ma cambiarla non influisce sulla codifica reale del file interessato (per questo il file ti dà problemi). Affinché tutto funzioni correttamente devono coincidere la codifica che passi a [tt]inputenc[/tt] e la codifica dei file che compili (principale e tutti quelli inclusi). Ora non so quale sia il tuo editor, ma negli editor LaTeX-friendly di solito la codifica del file viene riportata. Per farti un esempio con TeXStudio, che io impiego, viene riportata in basso a destra. Apri il tuo file quindi e guarda qual’è la codifica riportata e imposta la stessa che passo a [tt]inputenc[/tt] per tutti i file.

Ancora meglio, cambia la codifica di tutti i file che compili in [tt]utf8[/tt] (passando lo stesso a [tt]inputenc[/tt])

@grenet,
non escludo che in guide datate e sprse in giro per il web ci siano informazioni che andavano ben allora e non vanno più bene oggi.

Per le codifiche devi leggere la guida tematica sulle codifiche che trovi in questo sito nella sezione Documentazione, sotto sezione Guide Tematiche del GuIT (dove ci sono diverse altre guide tematiche, ovviamente interessantissime, sia per una persona poco esperta sia per gli esperti).

Quello che ti ha detto @skevin è corretto, ma per fare quello che ti suggerisce devi leggere quella guida sulle codifiche, altrimenti continui a fare pasticci e a deteriorare ulteriormente in tuoi file; fi un bel backup di quello di cui disponi in modo da poter recuperare le tue versioni di oggi, poi usa i metodi indicati in quella guida per cambiare codifica ai tui file; trasformali tutti in codifica utf8. Oggi qui sul forum consigliamo sempre questa codifica; 10 anni fa veniva raccomandata la codifica latin1; ne è passata di acqua sotto i ponti.

Verifica se il tuo editor è in grado di salvare in file con al codifica utf8 e impostalo in quel modo.
Windows non ‘entra niente sul fatto di dover usare latin1 o utf8 o quel che ti pare (ansinew, cp1252, latin9, eccetera).
Non usare più utf8x oggi con TeXLive 2014 e con MiKTeX 2.9 non è più attuale e corri grossi rischi di incompatibilità.

Io ti ho accennato al greco specificato nella forma polutonikogreek; questo nome l’abbiamo inventato Apostolos Syropoulos ed io quando facevamo i primi esperimenti con il supporto di babel per il greco all’inizio degli anni ’90; sono passati quasi 25 anni e ora babel e polyglossia permettono di comporre in greco e di sillabare il greco secondo tre ortografie diverse (monotonica, politonica e antica); 25 anni fa era impensabile fuori dalla Grecia scrivere direttamente in greco; oggi non è difficile farlo sia com qualunque macchina e qualunque sistema operativo, ma per farlo il file sorgente deve essere salvato con la codifica utf8. polutonikogreek si potrebbe usare ancora oggi per retrocompatibilità il modulo per il greco lo conserva, ma serve solo per comporre in greco moderno politonico. Non credo che tu abbia intenzione nel testo che stai componendo di usare il greco moderno politonico. Ecco perché il nome polutonikogreek oggi è deprecato!

Detto questo il tuo prblema principale è la codifica diversa dei file che usi immessi o inclusi risptto al file principale; Ma potresti essere più specifico se ci dicessi che cosa appare al posto delle lettere accentate: non appare niente o appaiono coppie di caratteri strani?