Gruppo Utilizzatori Italiani di TeX

Disegnare complessi organo-metallici con Chemfig

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  • 3 Dicembre 2015 alle 11:42 #104290
    Sergio
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      Ciao a tutti, è la prima volta che scrivo in questo forum, anche se lo seguo da tempo oramai.
      Utilizzo LaTeX da un anno, ma solo di recente ho cominciato a cercare di usarlo seriamente.
      Per la tesi mi sono trovato a dover scrivere complessi organo-metallici e sono cominciati i problemi. Ho spulciato online e qua sul forum e il massimo che sono riuscito a fare è questo.

      \chemfig{[270]N*6(-*6(-=-=-)=-=(-N?[a](-[1](Rh?[a]?(<:Cl))(-[::43](**5(-(-)-(-)-(-)-(-)-)\quad)))=[::-60]-(*6(=-=-=N?[b]-)))-=)} in questo caso mancano i legami a cuneo, e il legame del Rh con il ciclopentano è sbagliato (non dovrebbe legarsi ad un carbonio in particolare, ma con la molecola come nell'esempio sotto) \chemfig{\chemfig{**5((-)-(-)-(-[::120,,,,draw=none]-[::90,2]Rh)(-)-(-)-(-)-)}\quad} in questo caso sono solo riuscito a legare il rodio con la molecola. [attachment=1462]JV159.jpg[/attachment] Non riesco ad unire le due cose, ho proprio bisogno del vostro aiuto. Inoltre devo disegnare anche questa, e ho problemi con l'idrogeno e la carica positiva [attachment=1463]JV159NH.jpg[/attachment] Vi ringrazio per l'aiuto

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      • 4 Dicembre 2015 alle 16:31 #104291
        Marco
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          Ciao benvenuto nel forum,
          Ho provato a scrivere la tua molecola, avevi già fatto una buona parte comunque
          `
          \documentclass{article}
          \usepackage{chemfig}
          \begin{document}
          \chemfig{[270]N*6(-*6(-=-=-)=-=(-N?[a](-[1,1.4]Rh?[a,4]?(<:Cl)(-[2,2]@1-[2,.5,,,draw=none]?[cpent](-[2])-[:-15,1.25](-[:30])<[:-135](-[:-60])-[4,,,,line width=5pt,shorten <=-1pt,shorten >=-1pt](-[:-120])>[:135]?[cpent](-[:150])))=^[::-60]-(*6(=-=-=N?-)))-=)}
          \chemmove{\draw(1)ellipse[x radius=20pt,y radius=8pt];}
          \end{document}
          `
          Per disegnare i legami uscenti dal piano tramite [tt]?[nome ancora,numero legame][/tt] cambi il numero del legame. Nel tuo caso servono il 4 (equivalente a <) e il 5 (equivalente a >). Il ciclopentile legato al rodio lo disegnato pezzo per pezzo. L’aromaticità la indichi con un ellisse, che vai a inserire sfruttando il nodo [tt]1[/tt].

          Per la carica positiva invece, è più semplice: disegna un legame con la direzione che vuoi, ma invisibile con il comando TikZ [tt]draw=none[/tt] e lo posizioni all’angolo che preferisci.
          `
          \documentclass{article}
          \usepackage{chemfig}
          \begin{document}
          \chemfig{[270]N*6((-H)(-[:60,.4,,,draw=none]\oplus)-*6(-=-=-)=-=(-N?[a](-[1,1.4]Rh?[a,4]?(<:Cl)(-[2,2]@1-[2,.5,,,draw=none]?[cpent](-[2])-[:-15,1.25](-[:30])<[:-135](-[:-60])-[4,,,,line width=5pt,shorten <=-1pt,shorten >=-1pt](-[:-120])>[:135]?[cpent](-[:150])))=^[::-60]-(*6(=-=-=N?-)))-=)}
          \chemmove{\draw(1)ellipse[x radius=20pt,y radius=8pt];}
          \end{document}
          `

          Scusa l’indiscrezione, in cosa ti laurei? Te lo chiedo perché giusto questo martedì ho conseguito la laurea triennale in Chimica e Tecnologie Chimiche. Magari sei un mio collega 😀

          EDIT: Dimenticavo, per usare il trucco con [tt]\chemmove[/tt] devi compilare due volte: la prima serve a TikZ per salvare in modo globale le coordinate del nodo definito, la seconda colloca effettivamente il disegno dell’ellisse al suo posto. Ovvio che, essendo che il meccanismo sfrutta i file ausiliari, tutte le volte che li cancelli devi compilare almeno due volte il tuo file 😉

        • 7 Dicembre 2015 alle 12:33 #104292
          Sergio
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            Ti ringrazio tantissimo, sei stato veramente gentile anche per i consigli 🙂

            Mi sto laureando alla magistrale di chimica (indirizzo analitica). Quindi siamo quasi colleghi ^^

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