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@Tode, non è la prima volta che scrivi al forum, quindi hai già letto le risposte anche ad altri.
Sai quindi che a tutti i neofiti viene consigliato di leggersi (non tutta subito, ma via via che ne sorge la necessità) la guida L’Arte di scrivere con LaTeX; ora poi nella sezione documentazione dovrebbe esserci anche al guida L’Arte di scrivere in diverse lingue con (Xe)LaTeX. La parentesi attorno a Xe vuol significare che si parla di comporre con pdfLaTeX e con XeLaTeX e con LuaLaTeX, insomma con LaTeX, ma anche, quando fosse necessario, con quelle piccole o grandi differenze che caratterizzano Xe- e LuaLaTeX.
Perciò sei in grado di imparare a scrivere la tua tesi in francese senza doverti preoccupare dell’ortografia; la sillabazione (la cesura in fin di riga) e la spaziatura dei segni di interpunzione sono già gestiti da LaTeX: basta solo dirgli che stai componendo in francese; come glielo dici? dipende se usi pdfLaTeX e babel oppure Xe- o LAuaLaTeX e polyglossia; quindi devi leggere al documentazione.
Per il dizionario ortografico per TeXworks devi fare quello che hai già fatto, ma quando ti dice che una parola è errata, devi cliccarci sopra con il tasto destro del mouse e il vocabolario ti suggerisce una o più parole ortograficamente corrette tra e quali scegliele cliccando copra col mouse.
Per i sinonimi non sono sicuro che TeXworks sia in grado di gestirli. Ho i miei dubbi; e in base alla mia esperienza posso assicurarti che i software che lo fanno prendono lucciole per lanterne più spesso di quanto sarebbe desiderabile; sta quindi a te conoscere la lingua sufficientemente bene per usare i sinonimi giusti e/o per consultare un vocabolario monolingue cartaceo ben fatto che ti dia ogni nuance di ogni lemma anche quando ha significati metaforici e spesso te li distingue dalle nuances di alcuni sinonimi in modo da poter usare il sinonimo giusto.
Scrivere bene in una lingua qualsiasi, francese, italiano, tedesco o cinese, non è una cosa da lasciare a un elenco di presunti sinonimi.