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Sabrina, il tuo preambolo è utile, ma da solo non forma un esempio Minimo compilabile.
Il tuo preambolo dimostra che non segui l’evolversi del sistema TeX: non sei l’unica persona che pensa che il sistema TeX sia congelato in eterno. Questa mia osservazione vorrebbe essere un incitamento a tenerti più in contatto. Nell’esempio, piccolo ma non minimo, che ti accludo leggi le note che ho scritto vicino a diverse righe del tuo preambolo.
Sii più ordinata nello scrivere il preambolo; cerca di dividerlo in righe coerenti, in modo che quando carichi, per esempio, geometri, vi scrivi subito dopo ciò che lo concerne; se carichi amsmath, scrivi subito sotto i pacchetti di amsmath che richiami; lo stesso con TiKZ. Vedo che hai caricato il pacchetto picture e tutto l’armamentario di tikx e di pgfplots. Dipende da quali disegni fai e quanto sei disposta a correre il rischio che la memoria di lavoro di pdfLaTeX sia sufficientemente grande per non andare in overflow.
L’esempio qui sotto compila benissimo e mette la bibliografia nell’indice. Per quel che riguarda le testatine e i piedini, tieni presente che con le tue impostazioni nelle testatine, quando ci sono, contengono il numero della pagina; ma non ci sono mai nelle pagine iniziiali dei capitoli, Indice compreso; in queste pagine iniziali il numero della pagina compare nel piedino. A me non piace che nella parte iniziale la numerazione delle pagine sia in numeri romani, e poi sia in numeri arabi nel resto del testo, specialmente in una tesi. Vedi altre mie osservazioni dopo il codice.`% !BIB TS-program = Biber
% !TEX encoding = UTF-8 Unicode
\documentclass[a4paper, 12pt, oneside, titlepage]{report}
%
\begin{filecontents}[noheader,overwrite]{Bibliografia.bib}
@book{book:Lamport,
Author = {Leslie Lamport},
Date-Added = {2012-10-24 21:42:52 +0000},
Date-Modified = {2012-10-24 21:42:52 +0000},
Edition = {2},
Publisher = {Addison Wesley},
Title = {{\LaTeX: A document preparation system — User guide and reference manual}},
Year = {1994}}
}
\end{filecontents}
%
\usepackage[italian]{babel}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{amsmath,amssymb}
\usepackage{amscd}
\usepackage{amsthm}%%% OldCl: meglio tenerlo vicino a amsmath
%\usepackage[utf8]{inputenc}%%% OldCl: non necessario dal 2019
%\usepackage{textcomp}%%% OldCl: non necessario dal 2020
\usepackage{graphicx}
\usepackage{geometry}% metti la conf. di geometry vicino a geometry
\geometry{a4paper, top=2cm, bottom=1.5cm, left=2.5cm, right=1.5cm}
\usepackage{caption}
\captionsetup{labelfont=bf}
\usepackage{multirow}
\usepackage{picture}%%% OldCl: sicura di voler usare insieme picture
\usepackage{pgf,tikz}% e tikz?
\usepackage{tikz-cd}
\usetikzlibrary{arrows}
\usepackage{paralist}%%% OldCl: il pacchetto enumitem sarebbe moltomigliore
\usepackage{mathrsfs}
\usepackage{setspace}
\linespread{1.5}%%% OldCl: questo fattore di allargamento è troppo grande
\onehalfspacing%%% OldCl: questa impostazione annulla il valore 1.5 di sopra
\usepackage{subfig}
\usepackage{siunitx}
\usepackage{rotating}
\usepackage{booktabs}
\usepackage{tabularx}
\newcommand{\abs}[1]{\left|#1\right|}
\usepackage{frontespizio}
\usepackage{emptypage}
\usepackage{guit}
%%% OldCl: di qui in avanti ripeti cose simili
\usepackage{fancyhdr}
\pagestyle{fancy}%%%OldCL: qui non serve perché sotto viene reimpostato
\fancyhf{}
\setlength{\headheight}{14.49998pt}
\renewcommand{\chaptermark}[1]{\markboth{#1}{#1}}
\renewcommand{\sectionmark}[1]{\markright{#1}}
\renewcommand{\headrulewidth}{0pt}
\pagestyle{fancy}%%% OldCl: reimpostazione
\fancyhead[LO]{\scshape\MakeLowercase{\rightmark}\fontsize{8}{10}}
\fancyhead[LE,RO]{\thepage}%%% OldCl: LE non serve per le paginie di
% sinistra, perché compono solo “fronte”
\usepackage[autostyle,italian=guillemets]{csquotes}
\usepackage[style=numeric-comp, sorting=none, backend=biber]{biblatex}
\addbibresource{Bibliografia.bib}
%\DeclareUnicodeCharacter{0301}{\'{e}}%%% OldCl: con la codifica utf8
% questo è già impostato
\begin{document}
\tableofcontents
\chapter{Capitolo unico}
Questo è il manuale di Leslie Lamport \cite{book:Lamport}.
\printbibliography[heading=bibintoc]
\end{document}
`
Le prime due righe del codice sono informazioni per l’editor; TeXstudio sa cosa farne e se clicchi il comando giusto, TeXstudio ti fa tutte le compilazioni necessarie di pdfLaTeX e di biber.
L’impostazione oneside serviva e serve ancora oggi per scrivere rapporti da stampare e archiviare in raccoglitori ad anelli, che hanno un fermaglio per tenere i fogli ben fissi; Questo fermaglio rende la lettura delle pagine sfogliate (quelle di sinistra) difficile, per cui tutti i fogli vengono stampati solo sul fronte e il loro verso viene lasciato vuoto. Ora una tesi è più simile a un libro che a un rapporto raccolto in un raccoglitore ad anelli; di solito viene confezionata come un documento brossurato con la copertina molle, oppure rilegate con una copertina dura; anche in questo caso i fogli interni non vengono quasi mai lev=gati/cuciti col filo come i veri libri ben rilegati, ma il pacchetto dei fogli interni vine reso “solido” mediante incollatura ben fatta sul dorso. La lettura del verso non è resa difficile dall’incollatura ben fatta, e quindi il verso dei fogli è leggibile senza sforzi.
In tempi di cura ambientale, sarebbe quindi utile risparmiare carta e comporre fronte-retro, cioè twoside; la classe book lo fa di suo, la classe report lo fa solo se glielo chiedi. Fossi in te, io userei l’opzione twoside, usando geometry per collocare la griglia di stampa al centro del foglio, con i margini destro e sinistro uguali, e con la larghezza della gabbia tale da non avere righe troppo lunghe; mediamente si accetta che le righe contengano 66 caratteri, spazi e segni di interpunzione compresi, con una tolleranza del 10%, quindi da 60 a 72 caratteri. Questa sarebbe una bella tesi.