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Sarà… ma a me sembra che figure larghe 100 mm possono stare solo in un manifesto in formato A0, certo non in una tesina verosimilmente stampata in formato A4, il solito formato di carta per le stampanti. Siccome la carta A4 è larga 210 mm, e la tua gabbia di stampa contiene dei margini certamente abbastanza grandi, probabilmente 25 mm, due immagini affiancate larghe 100mm ciascuna con almeno 5 mm di spazio fra l’una e l’altra, occupano 215mm e non ci sarebbe spazio per le due immagini affiancate; per giunta i due \qquad che metti fra le immagini imporrebbero uno spazio orizzontale di 20 pt ciascuno (se componi in corpo 10pt; \quad produce uno spazio orizzontale sostanzialmente pari al corpo, \qquad produce uno spazio orizzontale doppio), quindi 40pt in totale e e calcolando a spanne , basandosi sul fatto che 1mm vale circa 3pt (in realtà un filino di meno), vuol dire che vorresti spaziarle di 40mm/3=13mm o 14mm.
[Problema: se un pollice vale 72,27pt e vale anche 25,4mm, a quanti punti corrisponde 1mm? Soluzione: fai pure i calcoli, ma vedrai che la differenza fra il valore approssimato di 1mm=3pt differisce solo del 5% dal valore esatto, quindi il calcolo usando il rapporto approssimato dà dei risultati molto vicini al vero, solo che è molto più facile eseguire a mente una divisione per tre piuttosto che calcolare il valore esatto che è quasi uguale.]
Ecco perché diversi messaggi ti dicono che hai messo troppe immagini dentro un solo ambiente figure, e che la soluzione che hai trovato non va bene o non si capisce bene che cosa vuoi fare.
Grosso modo sembrerebbe che tu debba mettere dentro un unico ambiente figure 6 immagini create con R. La cosa non è evidentemente impossibile, ma devi dimensionarle le tue figure in modo migliore stabilendo di metterle in una matrice di due colonne e tre righe, cosa che se le figure sono abbastanza piccole si possono mettere con il pacchetto subfig.
Se per rimpicciolirle diventano troppo piccole, devi usare due ambienti figure, magari con tre immagini ciascuna distanziate in verticale, non affiancate, e specificando l’opzione di posizione [p] per ciascun mabiente perché entrambe le figure saranno abbastanza grandi.
Inoltre scalando la larghezza devi avere un’idea di quanto venga l’altezza per far stare tre figure in colonna dentro lo specchio di stampa, tenuto conto che anche la didascalia porta via dello spazio verticale. Certamente però se scali solo la larghezza, keepaspectratio non serve assolutamente a niente; keepaspectratio servo solo se specifichi uno scalamento per l’altezza e la larghezza che comporti fattori di scala diversi; siccome specifichi solo la larghezza, l’altra dimensione viene automaticamente scalata con lo stesso fattore di scala.