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Se ho capito bene le tue necessità, la soluzione è quella di impostare i due contatori tocdepth e secnumdepth mediante il solito comando, per esempio, \setcounter{tocdepth}{0}.
Se vuoi le sezioni, sottosezioni, ecc. numerate devi impostare l’altro contatore, ma devi decidere fino a che profondità di sezionamento vuoi arrivare. Se imponi \setcounter{secnumdepth}{1} numeri le sezioni ma non le sottosezioni e le sezioni più basse. Se imponi \setcounter{secnumdepth}{2} arrivi a numerare fino alle sottosezioni.
Inoltre, se il titolo vero, indipendentemente dalla numerazione, è un po’ lungo, non è opportuno che appaia né nell’indice, né nelle testatine. Qui viene in aiuto l’argomento facoltativo del comando \section, e dei comandi di sezionamenti subalterni: \section[Titolo breve]{Titolo lungo}. è chiaro che in questo modo puoi scegliere che cosa scrivere sia nel Titolo lungo, sia nella sua parafrasi Titolo breve.
Quello che ti consiglio è di non esagerare con titoli narrativi, come i titoli dei film di una nota regista; i titoli dovrebbero essere sempre sintetici, massimo due righe i Titoli lunghi. Ma i Titoli brevi non dovrebbero superare più o meno la mezza riga. Te ne accorgi nelle testatine se sono sufficientemente brevi, perché se non lo sono possono ricoprire il numero della pagina o anche fuoriuscire dal bordo dello specchio di stampa.
Ricorda che se i comandi di sezionamento non sono numerati e non compaiono nell’indice, il loro titolo non compare nemeno nelle testatine; per cui sei costretto ad usare i comandi \markboth e/o \markright.
Tutte queste cose sono descritte (più o meno dettagliatamente) nelle guide generali e nella guida tematica “Il LaTeX Referenc Manual commentato” dove, appunto, i commenti aggiungono informazioni d’uso rispetto alla fredda enunciazione della sintassi dei comandi LaTeX. Guide generali e guide tematiche possono essere scaricate liberamente dalla sezione Documentazione di questo sito.
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